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Hasta el momento en el que decidió retirarse, Muni siguió actuando tanto en el cine como en el teatro. En 1939 protagonizó:
- No estamos solos (We Are Not Alone), de Edmund Goulding, un drama antibelicista, basado en la novela James Hilton, el mismo escritor que nos escribiera Horizontes perdidos y Adiós Mr. Chips.
- Juárez (Juarez), dirigida por William Dieterle, con Bette Davis. Drama histórico basado en la novela The Phantom Crown de Bertita Harding y en la obra Juarez and Maximilian de Franz Werfel. Se centra en el conflicto entre Maximiliano I (Brian Aherne, nominado al Oscar como mejor actor de reparto) y Benito Juarez (Paul Muni).
En 1941, protagoniza junto a Gene Tierney, El renegado (Hudson's Bay), dirigida por Irving Pichel, un western ambientado a finales del siglo XVII, cuando el comercio de las pieles se hallaba en su apogeo.
Al año siguiente Ataque al amanecer (Commandos Strike at Dawn, 1942), de John Farrow, junto a Anna Lee, Lillian Gish, Cedric Hardwicke, entre otros. Película bélica basada en un relato de C.S. Forester. La acción tiene lugar en 1940/41 en torno a una localidad marinera de Noruega, alterada por la ocupación alemana (1940). Nominada a los Oscar como mejor banda sonora.
En 1943 interviene en la película coral Tres días de amor y fe (Stage Door Canteen), dirigida por Frank Borzage. Stage Door Canteen, título original de la película hacer referencia a un local de Broadway donde célebres artistas entretenían a los soldados que volvían del frente. Artistas del calibre de Katharine Hepburn, Merle Oberon, George Raft, Johnny Weismuller, Ralph Bellamy o Harpo Marx llenan el local, en el que actúan las bandas de Xavier Cugat, Count Basie y Benny Goodman.
En 1944, protagoniza una interesante biografía del gran compositor Frederic Chopin y muy especialmente de la relación que mantuvo con George Sand, Canción inolvidable (A Song to Remember), dirigida por Charles Vidor, con Merle Oberon, Cornel Wilde (nominado al Oscar como mejor actor). Contó como intérprete de la música de Chopin a Arthur Rubinstein al piano.
De nuevo protagoniza otra cinta bélica Contraataque (Counter-Attack, 1945), dirigida por Zoltan Korda, con Marguerite Chapman, sobre dos rusos, una mujer y un hombre, que quedan atrapados en un edificio rodeados por soldados alemanes. Adaptada de la obra de Broadway, Counterattack de Janet y Philip Stevenson, que a su vez estaba basada en la obra Pobyeda de Mikhail Ruderman y Ilya Vershinin.
Terminada la contienda protagoniza una comedia fantástica El diablo y yo (Angel On My Shoulder, 1946), de Archie L. Mayo, con Anne Baxter, que trata de un pacto entre el Diablo y un hombre muerto. Fue la última pelicula de Archie L. Mayo antes de su jubilación.
En 1952 se trasladó a Europa para protagonizar la película italiana Imbarco a mezzanotte, dirigida por Joseph Losey, un drama, con evidente influencia del neorrealismo italiano, que adapta el cuento La bouteille de lait, del escritor frances Noel Calef.
Fue tan valorado por su talento como criticado por sus excentricidades. Se sabía que le sacaba de sus casillas descubrir que alguien se había vestido de rojo, y también se le podía encontrar tocando su violín para relajarse en momentos de pausa. Pasó a ser demasiado dependiente de su esposa, Bella, que era una pesadilla para los directores, a los que obligaba a volver a rodar las escenas cuando no estaba satisfecha.
Tras varios proyectos fallidos, en 1955, Muni fue nominado para un Tony, por su papel de Henry Drummond en la obra La herencia del viento (Inherit the wind), papel que interpretaría en el cine Spencer Tracy en la película del mismo nombre. Sin embargo, su salud iba empeorando, y en 1959, poco después de haber sido nominado de nuevo al Óscar como mejor actor, por su película The last angry man, se retiró. Murió en 1967 en California, en la localidad de Montecito.
Cuenta con su propia estrella en el Paseo de la Fama de Hollywood, a la altura del número 6435 de Hollywood Boulevard.
