Comenzó dirigiendo sus propias películas en 1922 con Pasteur, seguida de otros dos filmes, L'Auberge rouge y Cœur fidèle (Corazón fiel), ambos de 1923.
Más adelante, el futuro director de cine Luis Buñuel trabajó para Epstein como director asistente en Mauprat (1926) y El hundimiento de la casa Usher (La Chute de la maison Usher, 1928) en la que únicamente participó durante el rodaje de los interiores. Parece claro que esta experiencia pesó, para bien, en Un perro andaluz; luego se separarían, sobre todo, por la admiración de Epstein hacia Abel Gance, que no compartía el aragonés. El hundimiento de la casa Usher, la película más destacada de su filmografía, está inspirada en varios cuentos de Edgar Allan Poe, incluyendo el que lleva ese nombre o El retrato oval. El ralentí impresionante de muchas escenas confiere al film una rara belleza.
En Coeur fidèle (1923), Epstein eligió rodar una sencilla historia de amor y violencia «para ganar la confianza de aquellos, aún numerosos, que creen que solo el melodrama más bajo puede interesar al público», y también con la esperanza de crear «un melodrama tan desnudo de todas las convenciones que normalmente se atribuyen al género, tan sobrio, tan simple, que podría alcanzar la nobleza y la excelencia de la tragedia». Escribió el guion de esta película en una sola noche. Epstein había quedado muy impresionado por La Roue, que había acabado hacía poco Abel Gance, y precisamente en Coeur fidèle buscó aplicar sus técnicas de montaje rápido y rítmico, así como el uso innovador de primeros planos y superposición de imágenes.
En los años 1920 estuvo influido por el mundo evocador del expresionismo alemán, pero también por las imágenes del cine soviético. Después encontró otro camino distinto al descubrir Bretaña. Se expresó, entonces, a través de documentales sobre islas como Finis Terrae (1929) filmado en Ouessant, Mor vran (El mar de los cuervos, en bretón) filmado en la isla de Sein, L'Or des mers filmado en Hoëdic, Le Tempestaire (El domador de tempestades) filmado en Belle-Île-en-Mer. Chanson d'Armor parece ser la primera película en lengua bretona de la historia. Las dos novelas que Epstein escribió también tienen lugar en las islas bretonas: L'Or des mers, en Ouessant, y Les Recteurs et la sirène, en Sein.
Se le asocia a menudo con el cine impresionista francés, así como con la idea de 'photogénie', en el sentido creador que tiene la imagen. En todo caso, Epstein fue uno de los creadores del nuevo arte cinematográfico en una época en la que el cine estaba buscando formas nuevas.
En su obra maestra, El hundimiento de la casa Usher (1928), Epstein hace una extraordinaria utilización del tiempo lento, de la poesía autónoma de las imágenes, que se detienen y se desdoblan, que crean su propio código expresivo. Es evidente que recibió la influencia de las vanguardias y el surrealismo, pero simultáneamente aportó al cine una libertad novedosa, que fue remodelada por Buñuel y otros cineastas.
Representó Epstein, pues, el tipo de cineastas que son verdaderos creadores de imágenes de movimiento. Fue casi olvidado, y tras Artères de France (1939), solo llegó a hacer dos películas más, recién concluida la Segunda Guerra Mundial; ésta supuso su decadencia, y apenas filmó nada desde ese momento hasta su muerte en 1953.
Pero las historias del cine en absoluto le habían olvidado. Tampoco los teóricos. Deleuze decía que él daba de lleno en el concepto de plano: "es un corte móvil, es decir, una perspectiva temporal o una modulación". Epstein, añadía, buscaba un cine "como arte propiamente visual", donde el movimiento puro se desprendía unas veces de objetos deformados, por abstracción progresiva, y otras de elementos geométricos en transformación". Demostró Epstein además que lo continuo y lo discontinuo nunca se oponían.
